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法律分析：保险公司拒绝赔偿家族遗传疾病是合法的，但保险合同中如有相关约定，则应按照约定进行赔偿。保险公司在拒绝赔偿时必须提供合理的理由，并在合同中明确相应的责任免除条款。
法律依据：
1.《保险法》第三十六条规定，保险人拒绝赔偿的，应当向被保险人说明理由，并应当告知被保险人申请仲裁或者提起诉讼的途径和期限。
2.《合同法》第十五条规定，合同应当遵循公平、自愿、等价有偿、诚实守信的原则。当事人应当根据交易的性质、目的和交易习惯，约定合同的内容。
3.《保险法》第四十三条规定，保险人在订立保险合同时，应当明确约定责任免除事项和责任限制事项。未约定或者约定不明确的，应当承担相应的赔偿责任。
总结：保险公司拒绝赔偿家族遗传疾病是合法的，但需要提供合理的理由，并在合同中明确相关责任免除条款。如果保险合同中有相关约定，则应按照约定进行赔偿。如果被保险人认为保险公司的拒赔决定不合理，可以申请仲裁或提起诉讼维护自己的权益。
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