将摩托车改分离车的行为不合法。摩托车是不能擅自改装的，摩托车改装违法。法律依据：《机动车登记规定》第十条 更换发动机的，机动车所有人应当于变更后十日内向车辆管理所申请变更登记，填写《机动车变更登记申请表》，提交法定证明、凭证，并交验机动车。第十六条 已注册登记的机动车，机动车所有人住所地址在车辆管理所管辖区域内迁移、机动车所有人姓名（单位名称）或者联系方式变更的，应当填写《变更备案申请表》，可通过邮寄、传真、电子邮件等方式向车辆管理所备案。第五十七条 除本规定第十条和第十六条规定的情形外，擅自改变机动车外形和已登记的有关技术数据的，由公安机关交通管理部门责令恢复原状，并处警告或者五百元以下罚款。