拆迁公司来签订补偿协议是不合法的。签订补偿协议的双方应当为拆迁部门与被拆迁人，拆迁公司只是被委托实施、承担房屋征收、拆迁与补偿具体工作的实施单位。
【法律依据】
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第五条
房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的。房屋征收部门对房屋征收实施单位在委托范围内实施的房屋征收与补偿行为负责监督，并对其行为后果承担法律责任。
第二十五条
房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
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