绩效资金是不可以从工资总额里面扣的，绩效工资一般是针对岗位核心职能的绩效考核结果来确定的，一般按绩效工资基数乘以绩效考核设定的系数来确定。奖金是针对员工的特殊贡献和整体协作效果的，是根据企业、部门或项目的整体经营目标(一般以利润目标为基准)达成情况，来确定奖金总额基数，再按部门贡献率和个人贡献率来逐层划分的。奖金是按整体经营业绩比例提取的。
绩效工资属于奖金的一种，用人单位需要根据合法制定的考核制度对劳动法发放绩效工资。如果没有考核制度，用人单位不得随意克扣劳动者的绩效工资。否则属于用人单位克扣工资。
一、法律依据
《劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议；
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。