法律分析：内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。政府下辖的各办(办公室、厅)等是内设机构。直属机构是指政府直接领导下主办各项专门业务的机构，地位低于政府内的各局、委。政府下辖的各科（部、局）等是直属机构。内设机构没有直接的行政权利，一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。比如交通局的人事处，国务院总值班室。直属机构有直接的行政权利，具有独立职权和专门职责，可以在主管事项的范围内，对外发布命令和指示。
法律依据：《国务院行政机构设置和编制管理条例》 第八条 国务院直属机构、国务院办事机构和国务院组成部门管理的国家行政机构的设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案，报国务院决定。