法律分析：在保险合同中，免责条款是常见的条款之一，它规定了保险公司在何种情况下可以不承担赔偿责任。然而，如果免责条款的内容过于模糊不清，或者在实际操作中涉嫌违反法律原则，保险公司以此为由拒赔可能存在合理性争议。
法律依据：
1.《保险法》第十一条：保险合同应当符合法律、法规的规定，不得违背公序良俗，不得损害社会公共利益。
2.《合同法》第四十二条：当事人一方违反合同，给对方造成损失的，应当承担赔偿责任。
3.《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第三十三条：人身损害赔偿应当根据受害人的实际损失，合理计算医疗、护理、营养等费用。
综上所述，保险公司以免责条款为由拒赔脑干疾病需要具体分析情况。如果该疾病属于保险责任范围内，且免责条款内容过于含糊不清或者涉嫌违反法律原则，保险公司应当承担赔偿责任。