结婚证没有档案不等于婚姻无效，只有重婚、禁止结婚的亲属关系、婚前患有不应结婚的疾病、未达法定婚龄才会导致婚姻无效。确认婚姻无效的程序包括婚姻登记机关和人民法院的确认，人民法院宣告婚姻无效的程序更完善。只有通过向人民法院起诉才能确认婚姻的有效性，没有相关档案可能是行政疏忽，并不影响婚姻的有效性。
法律分析
一、有结婚证没档案就是婚姻无效吗?
有结婚证没档案不是就是婚姻无效，有下列情形之一则婚姻无效
(一)重婚;
(二)有禁止结婚的亲属关系(指直系血亲和三代以内的旁系血亲);
(三)婚前患有医学上认为不应当结婚的疾病(主要有六种，性病、严重的精神病、重症智力低下、其他类型的传染性或遗传性疾病、瘫痪、麻风病)，婚后尚未治愈;
(四)未到法定婚龄(我国法定婚龄男满22周岁，女满20周岁)
人民法院审理宣告婚姻无效案件，对婚姻效力的审理不适用调解，应当依法作出判决，有关婚姻效力的判决一经作出即生效。涉及财产分割及子女抚养的，可以调解，对财产分割和子女抚养问题的判决不服的，可以上诉。
二、如何确认婚姻无效
确认婚姻无效的程序包括要先去婚姻登记机关和人民法院其中一个机关确认婚姻无效。
确认婚姻无效的机关包括婚姻登记机关和人民法院。
我国对登记机关确认婚姻无效的程序、申请人、法律责任等规定立法滞后。
通过人民法院宣告婚姻无效的程序规定相对完善。
向人民法院就已办理的婚姻申请宣告婚姻无效的主体，包括婚姻当事人及利害关系人。利害关系人包括：
(一)以为由申请宣告婚姻无效的，为当事人的近亲属及基层组织。
(二)以未到法定婚龄为由申请宣告婚姻无效的，为未达法定婚龄者的近亲属。
(三)以有禁止结婚的亲属关系为由申请宣告婚姻无效的，为当事人的近亲属。
(四)以婚前患有医学上认为不应当结婚的疾病，婚后尚未治愈为由申请宣告婚姻无效的，为与患病者共同生活的近亲属。
目前如果要确认婚姻有效的话，是需要通过向人民法院起诉的方式来进行处理的，通常状况之下，如果有结婚证，但是没有相关的档案，可能是因为行政部门存在着工作上的疏忽所导致的，但并不会因为这样的一种问题就导致是属于无效婚姻的状态。
结语
根据我国婚姻法规定，仅有结婚证而缺乏相关档案并不等同于婚姻无效。婚姻无效的情形包括重婚、禁止结婚的亲属关系、婚前患有不应结婚的疾病、未达法定婚龄等。确认婚姻无效需通过婚姻登记机关或人民法院程序。目前，确认婚姻有效通常需要向人民法院起诉。若仅因行政疏忽导致无相关档案，不会使婚姻无效。请婚姻当事人及利害关系人依法申请确认婚姻有效或无效，并通过法律程序解决相关问题。
法律依据
中华人民共和国婚姻登记条例：第二章 结婚登记 第八条 男女双方补办结婚登记的，适用本条例结婚登记的规定。
中华人民共和国婚姻登记条例：第四章 婚姻登记档案和婚姻登记证 第十七条 结婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证、离婚证。
中华人民共和国婚姻登记条例：第二章 结婚登记 第九条 因胁迫结婚的，受胁迫的当事人依据婚姻法第十一条的规定向婚姻登记机关请求撤销其婚姻的，应当出具下列证明材料：
(一)本人的身份证、结婚证；
(二)能够证明受胁迫结婚的证明材料。
婚姻登记机关经审查认为受胁迫结婚的情况属实且不涉及子女抚养、财产及债务问题的，应当撤销该婚姻，宣告结婚证作废。