治疗慢性溃疡性直肠炎，一般主张以肛门内塞药，局部用药为主。可给美沙拉嗪栓或者美沙拉嗪肠溶液进行灌肠治疗，可在局部发挥抗炎，促进肠黏膜修复的作用，减少病人腹痛、黏液脓血便效果良好。同时对慢性溃疡性直肠炎患者，如果腹痛明显，口服匹维溴铵片缓解腹部疼痛，酌情使用双歧杆菌四联活菌片调理肠道菌群。大便检验有白细胞提示有合并感染，可以给左氧氟沙星抗菌治疗。如果反复发作病情迁延，可酌情使用糖皮质激素、硫唑嘌呤等药物来进行控制病情。
慢性溃疡性直肠炎主要以左下腹部疼痛，里急后重，便意频繁，黏液脓血便等症状为主。