在管理销售订单中的合同和协议时，首先需要建立一个完善的合同管理系统。这个系统应包括合同的创建、审批、执行、监控和归档等各个环节。在合同创建阶段，要确保合同条款清晰明确，避免模糊和歧义；在审批环节，要建立合理的审批流程和权限控制，确保合同的合法性和合规性；在执行阶段，要及时跟踪合同的执行进度，确保双方都能按时履行合同义务；在监控环节，要建立合同履行的监控机制，及时发现并解决合同执行过程中的问题；最后，在归档阶段，要建立合同归档的标准和程序，确保合同文件的完整性和可追溯性。
另外，针对合同中的风险和争议条款，管理者需要建立相应的风险管理机制和争议解决方案。在风险管理方面，可以采取保险、担保或其他风险转移措施来降低风险；在争议解决方案方面，可以考虑引入第三方调解、仲裁或法律诉讼等方式来解决争议。
此外，管理者还可以借助信息化技术来提高合同管理的效率和质量。通过引入合同管理软件，可以实现合同的电子化管理，提高合同审批和执行的效率，减少合同管理过程中的手工操作和错误风险。
最后，为了更好地管理销售订单中的合同和协议，管理者还需要建立良好的合作关系，加强与客户和供应商的沟通和协调，及时解决合同履行中的问题，确保销售订单的顺利执行和客户满意度。