不抵扣发票勾选后的处理方式具体如下：
1、勾选状态选择“已勾选”，在查询条件区，选择勾选日期的范围，点击“查询”按钮，可查询当前税款所属期已勾选的发票；
2、对查询出的已勾选发票，选中一张勾选标志为“已勾选”的发票，可取消第一列的勾选状态，实现对前次勾选操作的撤销处理（处理完成该发票，该发票就转变为未勾选状态）；
3、确认本次需要勾选的发票全部撤销勾选完成后，点击“提交”按钮，弹出撤销勾选信息对话框；
4、确认信息无误点击“确定”按钮，保存修改，即可实现发票的撤销勾选。
发票不抵扣勾选就是指在某些商品中可能存在不可抵扣的税费或服务，这些税费和服务将不会被扣除，并且在发票上以勾选的形式表示出来。即便发票上有勾选“不抵扣”，也要勾上，这也是税务机关的要求。
综上所述，不抵扣发票勾选后是可以通过撤销来取消勾选的，因此，再出现勾选上的情况时，一定要保持镇静。
【法律依据】：
《中华人民共和国增值税暂行条例》 第十条
下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。