合同中规定的工资为3000元，但实际发放的底薪为2700元，全勤奖100元是否包含在工资中，需要进一步明确。根据法律规定，加班工资的计算应基于合同约定的月工资标准，即3000元。加班工资的计算方式如下：
1. 工作日加班费：月工资（3000元）÷ 工作时间（21.75天）÷ 每日工作小时数（8小时）× 加班小时数 × 加班工资倍数（1.5倍）。
2. 双休日加班费：月工资（3000元）÷ 工作时间（21.75天）÷ 每日工作小时数（8小时）× 加班小时数 × 加班工资倍数（2倍）。
3. 法定节假日加班费：月工资（3000元）÷ 工作时间（21.75天）÷ 每日工作小时数（8小时）× 加班小时数 × 加班工资倍数（3倍）。
为了证明员工的加班时间，可以提供以下证据：
- 考勤表
- 考勤卡
- 加班审批单
- 加班通知
- 监控录像
- 证人证言
- 加班时所做工作形成的书面文字记录
- 电子邮件
相关法律依据为《劳动法》第四十四条。
