外商投资企业核准证书编号可以通过以下几种方式查询：
1. 在外商投资企业所在地的工商行政管理部门网站上查询。
2. 通过国家企业信用信息公示系统查询。
3. 在《中国对外投资统计年鉴》中查询。
具体步骤以工商行政管理部门网站查询为例，具体为：
1. 登录所在地工商行政管理部门网站。
2. 找到“涉外企业核准登记信息公示”或“外商投资企业设立、变更、注销信息公示”。
3. 输入想查询的公司全称或工商注册号（注意输入的信息要与公司全称完全一致）。
4. 根据页面提示查看核准证书编号、批准设立时间等相关信息。
通过国家企业信用信息公示系统和《中国对外投资统计年鉴》查询的方法类似，也可以选择直接联系外商投资企业，获取核准证书编号等信息。
