1、用肉眼观察，根据症状即可作出初步诊断，必要时可用显微镜检查进行确诊。
2、患病初期，症状虽不明显，但在水中仍可观察到养殖鱼类体表鳞片病变。患病中后期，可明显观察到水产养殖动物体表似灰白色棉毛状物。
3、早春时，看见鱼成群地在塘边跑马似的游动，体表有层白色棉絮物(水清时可见)。抓病鱼检查，肉眼可见体表没有光泽，掉鳞片，有发红充血现象;镜检没有明显的寄生虫，并且可见菌丝，即可确诊为水霉病。
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